第二节 中华民国时期
一、中华民国初年的北京大学
1911年10月爆发的辛亥革命，推翻了清王朝的封建统治。1912年1月1日，中华民国在南京成立，孙中山就任临时大总统。同日，中华民国临时政府组成。不久，临时大总统职务为北洋军阀首领袁世凯所窃取，他玩弄权术，逼迫南京临时政府北迁，定北京为首都。2月15日参议院选袁世凯为临时大总统，3月10日袁世凯在北京就任临时大总统，开始了北洋军阀统治的时期。
1912年2月15日，临时大总统袁世凯任命严复为京师大学堂总监督，接管大学堂事务。5月3日，北京政府批准教育部呈请，改京师大学堂为北京大学校，大学堂总监督改称大学校校长，分科大学监督改称学长，分科大学教务提调裁撤。严复被任命为北京大学校第一任校长。
严复，原名宗光，字又陵，又字几道，福建侯官(今福州)人，中国近代思想家、翻译家、教育家。他接办京师大学堂后，首先碰到的困难是学校经费无着。辛亥革命爆发后，因政局未定，大学堂已连续数月领不到经费，严复只好靠借债应付。4月先向华俄道胜银行借款7万两，才得于5月勉强复课。8月，又向华比银行借银20万两，除偿还道胜银行借款本息外，充作下学期费用。但是年7月，教育部又以经费困难、程度不高、办理未善等理由，欲停办北京大学校。这引起严复和全校师生的强烈反对。严复给教育部写了《论北京大学校不可停办说帖》和《分科大学改良办法说帖》。前一个说帖申述了北京大学校不可停办的理由。他指出:“北京大学创建十有余年，为全国最高教育机关。”“今若将其废弃，是举十余年来国家全力所惨淡经营，一旦轻心掉之，前此所靡百十万帑金，悉同虚掷。”“今世界文明诸国，著名大学多者数十，少者十数。吾国乃并一已成立之大学，尚且不克保存，岂不稍过?”关于经费问题，他说:“窃以为今日之大学，固当先问其宜存与否，……不得以筹费之难易为解决也。”“国家肇建万端，所需经费何限，区区一校所待以存立者，奚翅九牛之一毛? 其所保持者甚大，所规划者至远，如此，夫何惜一年二十余万金之资，而必云停废乎?”关于程度问题，他说，“各国之有大学，亦无法定之程度”，北京大学的程度，“与欧美各国大学相提并论，固不可同年而语”，但仍不失“为全国中比较差高之学校”，而且“程度亦何常之有，吾欲高之，终有自高之一日。若放任而不为之所，则永无能高之时”。至于学校以前办理未善问题，则只要不取消，今后尽可改进。在后一个说帖中，他提出了分科大学改良办法，主张对旧有学生缩短原定学期，择要讲授，作为选科生提前毕业。暑假后招考新生，重新订立教学计划。他还提出了处理教员的办法，所聘外国教员，“其合同已届满者，可以按约辞退。其合同未满诸员，唯有斟酌功课多寡、学员人数，择其优者量予留堂;其实不合者，只可按照合同给予三个月薪水一律辞退”，“至于中国职教员，本无预定合同，自可考其成绩，随时斟酌去留”。
在全校师生反对下，教育部答复北大，声明“解散之事，全属子虚”。同时，参照严复的意见，提出对原有学生和外国教师的九条结束办法:(1)各分科大学学生一律提前于(民国)元年年底毕业，给予选科文凭，概不授予学位。(2)本年下学期各分科主要课程应增加钟点讲授，其补助钟点酌量删减。(3)分科学生从下学期起，一律征收膳费，唯学费一项仍归豁免。(4)本年年底各分科学生毕业后，选其成绩优良者，每门资派一、二名出洋留学。(5)凡合同将满之外国教员应按约辞退;其未满诸员亦酌量辞退，以节省经费。(6)各分科学长应兼充教员，唯文科学长既兼署校长，事务较繁，毋须担任教科。(7)法科、商科两学长应以一人兼充。(8)文科及预科教务长应裁撤。(9)本年下学期，各分科大学一律不招新生。
教育部的这个办法下达后，各分科学生对于缩短学期、改为选科生提前毕业的做法，表示反对，认为这是实行“和平之驱逐”“变相之解散”。改革之议，遂被打消。
严复在反对取消北京大学校的斗争中同全校师生站在一起，取得了胜利，但因此得罪了教育部当权者。1912年10月7日他被迫辞去北京大学校校长职务。“学生欲挽留，而教部不允所请。”同日，临时大总统袁世凯任命章士钊为北京大学校校长，但章士钊未到任，10月18日袁世凯又任命马良代理北京大学校校长。
马良对办好大学还是有想法的，1912年10月21日他在到校演说中说，大学者“非校舍之大之谓，非学生年龄之大之谓，亦非教员薪水之大之谓，系道德高尚、学问渊深之谓也”。但办学困难很大，11月底寒假将到，而下学期经费尚无着落。他向比国银商借40万法郎，约定以学校地产作抵押。学生闻讯，认为马良“盗窃校产”，群起反对。年底，马良辞职。12月27日袁世凯令准马良辞职，令准免去章士钊北京大学校校长职，任命何燏时署理北京大学校校长。
1912年11月，原附设于大学堂的高等学堂改称预科。1911年10月译学馆停办，预科迁入北河沿译学馆原址。1911年11月，商科归并法科兼理。
何燏时长校后谋求对北大进行整顿，经教育部同意，于1913年5月25日出布告宣布，“凡预科毕业学生欲入本科者，须先经过入学试验”。预科学生以《大学令》明文规定“预科学生修业期满，考试及格者，给以文凭，升入本科”，校长上述布告违法，于是在校内遍贴告白，表示反对。何燏时派人撕去学生的告白，并出布告严厉训斥学生。27日，预科学生举行集会，要求校长到会解释，何置之不理。学生便涌进校长办公室与何辩论，迫其当场写悔过书，并辞去校长职务。事后，何燏时上书教育部，要求严惩闹事学生。学生也公推代表13人赴教育部请愿。5月29日，教育部代总长董鸿袆向何燏时发出指令，认为预科学生“借端生事”“聚众要挟”“目无法纪”，命令学校当局“查明滋事为首之人，立即斥退”。30日何燏时据此出布告将此次学潮中的代表8人斥退，并通知军警入校弹压。于是全体预科学生到教育部请愿，因无人接见而返校。6月3日，又有预科学生271人赴国会请求保障。6月6日，教育部宣布“将现时在校之预科学生暂行解散，俟暑假后开学时，除已斥退之八人外，凡现经请假出校诸生，均准回校，其余实系被胁之人，自愿悔过，呈请复校者，由校长酌量照准”。于是，何燏时乃限令预科学生于5日内一律出校。因不少学生拒绝离校，何又招来大批军警，将预科学生全部押解出校。这次学潮遂被压制下去。
1913年暑假，文、理、法、工四科招收新生。其中，文科招中国文学门一班，理科招数学门、理论物理门、化学门各一班，法科招法律学门、政治学门、经济学门各一班，工科招土木学门、采矿学门、合金学门各一班，何燏时积极筹备于9月25日举行本科生开学典礼。不意，9月23日，教育部突然通知北大，本科开学暂缓举行。次日，教育总长当面告诉何燏时拟将北大分科暂行停办，理由是北大“费用过多，风纪不正，学生程度尚低”。10月1日，教育部又发第213号指令，提出要将北大并入天津北洋大学，称“本部上年规划全国国立大学，拟定四区(四区为北京、南京、武昌、广州，每区各设一大学)”，京津距离太近，不能设两所大学。此议一出，立即遭到北大师生和社会舆论的反对。何燏时也明确反对。他呈文给教育部要求维持大学，理由主要为:从经费考虑，得不偿失;从学业考虑，不应失全国学子之望;从国家振兴考虑，近来外国竞在吾国举办大学，扩张国势，我则惜小费一校不存，致使莘莘学子依赖外人，有失国体，且教育之实权亦势必旁落。“总之，办理不善可以改良，经费之虚糜可以裁节，学生程度之不齐可以力加整顿，而此唯一国立大学之机关，实不可遽行停止。”北大毕业同学会也上书大总统，指出:“唐虞三代以来，凡在国都，莫不修起大学，以树风声。今东西各国，其著名大学亦多在首都，岂宜背古今中外之通例，而反以首都大学，归并省会?”又说:“我国教育，操自外人，忧时之士，常以为耻。京内外已有外人建设大学，万一我国方事裁并，而彼则大加改良，面面相形，恐伤国体。”对停办北大，将之并入北洋大学，各界社会名流也多表示反对。国会开会时，有些议员也提出质问，要求教育部答复。在此情况下，教育部先允许北大本科于10月13日开学，到12月16日，北京政府正式批准教育部取消将北京大学合并于北洋大学的计划。
何燏时在呈文教育部要求维持大学时，即呈请辞职，11月5日，又再次呈请辞职。11月13日教育部命工科学长胡仁源暂行管理北大校务。1914年1月4日袁世凯任命胡仁源署理北京大学校长。
教育部在取消了将北大合并于北洋大学的计划后，又于1914年春提出将北大的工科移并于北洋大学、将北洋大学的法科移并于北大的方案。这个方案也由于北京大学和北洋大学师生的反对，未能实现。
1914年3月，北京大学的农科分科大学独立，改称为北京农业专门学校，直属教育部领导。
胡仁源担任北京大学校长后，于1914年9月拟定了《北京大学计划书》，对北大进行整顿和改革。其主要内容为:(1)添招新生。暑假后添招本科新生250名，内文科70名，理科30名，法科110名，工科40名。文科除中国文学门外，增加中国哲学门、英国文学门。(2)添聘教员。新聘专任教员6人，其中文、法科各2人，理、工科各1人。兼任教员也略有增加。(3)订定课程，改进教学方法。该计划书说:“本校课程，向系按照部章办理，惟部订大学规程，因当时用意力求完美，故科目颇觉复杂，为教授便利起见，不得不参酌各国情形酌量合并。而各科目内容仍期与部订规程适相符合。”计划先行试办，俟一年后再行修改，以期不致有过多过少之弊。按照学校情形，订立考察规则及试验细则。注重实地教授。毕业生需完成毕业论文。(4)编写教材和教授要目。成立教科书编委会编写教材，要求教师编写各课的教授要目。(5)添置教学设备。添设理科物理实验室和工科化学实验室、材料实验室、试金室各一处，添购了一些实验仪器和图样模型。(6)整理图书。将所有书籍详细清查，重新编定目录，将常用书目开架陈列，并增设中、西书籍阅览室各一处。(7)加强对预科的管理。预科设三主任:文科第一主任，管理伦理、国文、本国历史、地理等课的教学;文科第二主任，管理外语、外国历史、法制、经济论理(逻辑)、心理等课的教学;理科主任，管理数学、物理、化学、地质、矿物、图画、测量等课的教学。预科专任教员每周授课不得少于12小时。(8)培养专门学者。该计划书说:“大学设立之目的，除造就硕学通才以备世用而外，尤在养成专门学者。”“我国创立大学垂十余年，前后无虑百数，而其能以专门学业表见于天下者，殆无人焉，不可谓非国家之耻矣。推其原因，厥有数端”:一是“社会心理大都趋重于官吏之一途，为教员者多仅以此为进身之阶梯，故鲜能久于其任”;二是教员“每人每年所担任科目本已极多，而且逐年更换，流弊所及，种种敷衍塞责，教者学者，两无所益”;三是“研究学问之士居本国日久，往往情形隔阂，学问日退”。为了矫正这些弊端，计划书提出三条措施:一是“延聘教员，务宜慎选相当人才，任用以后，不可轻易更换。国家对教员，尤宜格外优遇，以养成社会尊尚学术之风”;二是“各科功课由教员按照所学，分别担任，至多不过三、四科目。认定以后，每年相同，非有必要情形，不复更易”;三是“于各科教员中每年轮流派遣数人，分赴欧美各国，对于所担任科目，为专门之研究。多则年余，少则数月”，这样可以使“校内人士得与世界最新智识常相接触，不致有望尘莫及之虞”。这些措施逐步推行后，学校的教师队伍得到了加强，增至148人，聚集了一批知名教授。学校规模进一步扩大，学生增至1503人，教学情况也有了进步。
1916年12月，胡仁源辞去北京大学校长职务。12月26日，大总统黎元洪任命蔡元培为北京大学校长。
二、蔡元培对北京大学的改革
1917年1月4日蔡元培就任北京大学校校长，到校视事。
蔡元培(1868—1940)，著名的民主主义革命家、教育家和思想家;字鹤卿，号孑民，浙江省绍兴府山阴县人;1912年1月，曾任中华民国临时政府教育总长;1912年7月，因不满袁世凯擅权专制，辞去教育总长职。他出任北京大学校长后，对北大进行了一系列重要改革。
1.明定大学的性质，树立新的办学宗旨。
蔡元培在《就任北京大学校长之演说》中向学生提出了“抱定宗旨”“砥砺德行”和“敬爱师友”三项要求，强调“大学者，研究高深学问者也”。他在1918年的开学典礼演说中又阐述:“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。”以后又在各种场合多次阐明:大学是研究学理的机关，并不是贩卖毕业证书的机关，也不是灌输固定知识的机关。他说外人指责北大腐败，“以求学于此者，皆有做官发财思想”，故读法科者多，读文科者少，读理科者尤少，“盖以法科为干禄之终南捷径也”。他认为，要办好大学，必须改变这种情况，端正对大学性质的认识。他要求学生“抱定宗旨，为求学而来。入法科者，非为做官;入商科者，非为致富。宗旨既定，自趋正轨”。
2.整顿教师队伍，广延“积学与热心”的教员。
蔡元培就任北大校长后不久，在1917年1月18日《复吴稚晖函》中说:“大约大学之所以不满人意者，一在学课之凌杂，二在风纪之败坏。救第一弊，在延聘纯粹之学问家，一面教授，一面与学生共同研究，以改造大学为纯粹研究学问之机关。”所以，他对北大进行改革的一个重要举措，就是“广延积学与热心的教员，认真教授，以提起学生研究学问的兴会”。他在《北大第二十二周年开学式演说词》中，还对什么是“积学与热心”做了说明。他说“延聘教员，不但要求有学问的，还要求于学问上很有研究的兴趣，并能引起学生的研究兴趣的。不但世界的科学取最新的学说，就是我们本国固有材料，也要用新方法整理他”。他采取的办法是聘请名流学者，裁减不称职的教员;方针是“循思想自由原则，取兼容并包主义”，“网罗众家”。他指出“大学者，囊括大典网罗众家之学府也”。他首先从整顿文科入手。就任校长不到10天，他即呈请教育部任命《青年杂志》(后改名为《新青年》)的创办者陈独秀为北大文科学长，接着，延聘了一批具有新思想、新观点的学者，如胡适、李大钊、钱玄同、刘半农、鲁迅等到北大文科任教。此外，当时文科教授中还有沈尹默、王星拱、马叙伦、吴承仕、陈垣、徐悲鸿、马裕藻、朱希祖、顾孟余、沈兼士、孟森、陈大齐等，他们在学术上都很有造诣。
在理科方面，蔡元培请在中国首先介绍爱因斯坦相对论的夏元瑮任学长，同时继聘和新聘名教授李四光、冯祖荀、颜任光、温宗禹、胡濬济、俞同奎、李书华、秦汾、何杰、何育杰以及外籍教授等。法科的教员原来多为政府官员兼任，蔡元培改为专任，并规定专任教员不得在他校兼课，政府官员不得为专任教员。当时法科的教员如马寅初、陶孟和、周鲠生、高一函、陈启修、黄右昌、王宠惠、张耀曾等均为国内知名学者。
根据“网罗众家”“兼容并包”的方针，蔡元培在坚持革新、扶植新派教授的前提下，对于那些政治思想上顽固守旧的人，认为只要其所授课程与政治无涉，也应该用其学术专长。如拖长辫而持“复辟论”的辜鸿铭，以其擅长英国文学而继续聘为本科教授;“筹安会”发起人之一的刘师培，以其在古文经学方面有重要建树，聘为文科教授，讲授中古文学史课。当时在北大的旧派教授还有黄侃、黄节、崔适、陈汉章等国学名流。
蔡元培在广延“积学与热心”的教员同时，又陆续坚决地裁减了一些水平低下、不适合在大学任教的教员，包括外籍教员。
北大的教师队伍，经过蔡元培的整顿、充实，面貌焕然一新。据1918年的统计，全校共有教员217人，其中教授90人。教授的平均年龄只有三十多岁，最年轻的文科教授徐宝璜只有25岁，胡适、刘半农等只有二十七八岁。教员中多数人倾向革新，有利于学校改革工作的进行，也使学校的教学质量和学术水平有了很大的提高。
3.改革学校领导体制，实行民主办校、教授治校。
北京大学在清末京师大学堂时期，实行的是与封建文化专制制度相适应的学监制，学校设总监督，各科设监督，一切校务均秉承总监督办理。辛亥革命后，改为校长制，一切校务都由校长与学监主任、庶务主任等少数人总理，连各科学长也没有与闻。蔡元培就任校长后，认为以前的办法很不妥。他按照欧美民主制的原则，对学校的领导制度进行了改革，主要包括以下几点。(1)设立评议会，作为全校最高的立法机构和权力机构。本来民国初年，教育部颁布的《大学令》就曾规定大学要设评议会，但这个规定并没有得到贯彻执行。北大虽于1915年11月成立了评议会，但也没有起多大作用。蔡元培长校后，制定了评议会简章，规定评议会由评议员若干人组成，校长和各科学长为当然评议员。教授代表，1917年时由文、理、法、工各科的本科和预科分别推举2人为评议员，任期一年;1919年后改为每五名教授得选评议员1人，一年改选一次。校长为评议会的当然议长。评议会制定和审核学校的各种章程、条令，决定学科的设立与废止及校内各机关的设立、废止和变更;提出学校的预、决算，审核通过聘请新的教授及其他重大事项。设行政会议，作为全校最高行政机构和执行机关，负责贯彻执行评议会的决议。行政会的成员以教授为限，由各专门委员会的委员长和教务长、总务长组成。校长为当然议长。(2)组织各学科教授会。1917年12月，评议会议决各科设教授会。教授会主任由各学科的教授推举，任期二年。1918年成立了国文、哲学、英文、法文、德文、法律、经济(包括商业)、政治、数学、化学、物理共11个学门的教授会。1919年改门为系后，由各系成立教授会。各系系主任由教授会投票选举，任期二年。教授会负责规划本系的教学工作，如课程设置、教科书的采择、教学法的改良、学生选科的指导和学生成绩的考核等。(3)设立教务处和总务处。1919年2月，评议会议决废除学长制。3月1日，评议会通过《文理科教务处组织法》，准备成立统一的教务处。教务处由各学科教授会主任组成，并从中推选一人为教务长，襄助校长领导全校的教务，任期一年。4月8日，蔡元培召开文理两科教授会主任及政治、经济门主任会议，选举马寅初为首任教务长。教务处的设立，克服了原来各科门各自为政的分散状况，加强了对全校教学工作的统一领导。与此同时，成立了总务处，主管全校的人事和财政。总务长由校长委任，最先担任总务长的是蒋梦麟。
经过蔡元培的改革，北京大学基本上确立了教授治校、民主办学的领导体制。蔡元培在《北京大学成立二十五周年纪念会开会词》中指出:“凡此种种设施，都是谋以专门学者为本校主体，使不至因校长一人之更迭而动摇全校。”
4.改革学科设置与教学制度。
(1)调整学科设置。蔡元培主张学与术应分别设立学校。1918年4月，他在《读周春嶽君<大学改制之商榷>》一文中说:“学与术虽然关系至为密切，而习之者旨趣不同。文、理，学也，虽亦有间接之应用，而治此者以研究真理为的，终身以之。所兼营者，不过教授著述之业，不出学理范围。法、商、医、工，术也。直接应用，治此者虽亦可有永久研究之兴趣，而及一程度，不可不服务于社会;转以服务时之所经验，促其术之进步，与治学者之极深研究，不相侔也。”他提出，在高等学校的设置上应有所分工，“治学者可谓之‘大学’，治术者可谓之‘高等专门学校’。两者有性质之别，而不必有所限与程度之差”。蔡元培又认为，原来北大文、理、法、商、工五科并立，没有重点，“而每科所设，少者或止一门，多者也不过三门”，就当时的办学经费与条件，要同时办好五科是不可能的。根据上述思想和看法，他采取了以下一些措施:①扩充文理两科。原来文科仅设有中国哲学、中国文学、英国文学三门。1917年暑假后，增设了中国史学门。1918年增设了法国文学和德国文学两门。1920年，预科俄文班毕业，又增设了俄国文学门。原来理科设有数学、物理、化学三门，1917年增设了地质学门。②调整法科。原来法科设有法律、政治、经济三门。蔡元培拟将法科分出去与法专合并，组成独立的法科大学。后因多人反对，没有实现。③归并商科与工科，将商科改为商业学门，隶属于法科，并决定俟现有的商业学学生毕业后即停办(1919年停办)。北大工科原来有土木工学及采矿冶金二门，决定工科预科学生愿学工者转送入北洋大学，本科俟原有学生毕业后停办(土木工学门于1922年，采矿冶金门于1923年，最后一期学生毕业)。④改革预科。原来的预科，不直隶各科，含有半独立性质;课程设置，并不与本科衔接。预科第三学年即授本科第一学年应授之课，使学生升入本科后学习重复。同时，原来的预科分为一、二两部，分别作为升入文、理科的预备，而文科部预科学生须兼为文、法、商三科预备，课程繁多。改革以后，取消了原来的预科学长，将预科分别直属于本科各科，为直接升入本科各科作预备，使其课程与本科的课程衔接起来。在学习年限上，将原来的预科三年，本科三年，改为预科二年，本科四年。(2)取消文、理、法科之名称，并改学门为学系。蔡元培认为学科之间是互相渗透、互相交叉的，主张融通文理两科的界限。他认为，学文科者，不兼习理科的某些学科，“不免流于空疏”，而学理科者，不兼习文科的某些学科，如哲学，就要“陷于机械”，因而于1919年撤去文、理、法三科的名称，将各科所属的学门改为学系。全校共设数学、物理、化学、地质、哲学、中国文学、英国文学、法国文学、德国文学、俄罗斯文学、史学、经济、政治、法律14个学系。系设系主任，取消原来的学长。与此同时，将各个学系按类分为五个学组:第一学组为数学系、物理系，第二学组为化学系、地质学系，第三学组为哲学系，第四学组为中国文学系、英国文学系、俄国文学系、德国文学系、法国文学系，第五学组为经济学系、史学系、政治学系、法律学系。(3)改年级制为选科制。北大原来的学年制，规定每一学年要学习若干门课程，全为必修。蔡元培认为这种制度不能让学生自由地“专研其心向之学科”，不符合个性自由发展的原则，也不符合学术自由、思想自由的原则，因而，于1919年暑假后，实行选科制，让学生在必修一定限量的课程以外，可以自由选修一定数量的其他课程。当时规定本科学生学满80个单位(每周一学时，学完全年为一单位)，即可毕业。在80个单位中，一半为必修课，一半为选修课，在选修课中，既可以选本系课程，也可以选外系课程。预科学生规定学满40个单位，其中四分之三为必修课，四分之一为选修课。1921年，本科生在规定的80个单位中，改为三分之二是必修课，三分之一为选修课。蔡元培实行的选科制，就是后来的“学分制”。当时所说的“单位”，就是后来所说的“学分”。
5.提倡美育。
蔡元培在《美术的进化》一文中说:“教育的方面，虽也很多，他的内容，不外乎科学与美术。”1912年1月，他就任中华民国临时政府教育总长后，提出包括美育在内的五育(军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育)并举的教育方针。他把美育作为德育不可分割的重要组成部分，通过美育，陶冶人的高尚情操，养育人的完美人格。他出任北大校长后，1917年12月初举行的改订文科课程会议决定在文科开设“美学”和“美术史”的课程。12月下旬，由陈独秀提议通过的《文科大学现行科目修正案》进一步规定，文科的哲学门、中国文学门、英国文学门均设“美学概论”课。这是北大也是我国大学第一次开设这类课程。除了开设这类课程外，蔡元培还发起组织音乐、绘画等社团，开展各种活动，以丰富学生课外的文化艺术生活，陶冶他们的性情。
1922年8月，学校评议会讨论决定，将音乐研究会改为正式的教学机构，名称改为“北京大学附设音乐传习所”，对外招收学生。所长由蔡元培兼任，教务主任为萧友梅，导师中有著名乐师刘天华等。传习所以培养音乐人才为宗旨，一面传习西洋音乐，一面保存中国古乐。传习所分三科:本科培养专门人才，不定毕业年限，修完所定课程即可毕业;师范科培养中小学音乐教员，分甲种四年毕业，乙种二年毕业两种;选科专为音乐爱好者开设，不定修业年限。
6.首开女禁，实行男女同校。
蔡元培早年宣传民主革命思想时，就反对尊君卑民、重男轻女的旧习，提倡男女平等，主张女子也应当有同等受教育的权利。1920年元旦，上海《中华新报》发表了蔡元培对该报旅京记者的谈话，说:“大学之开女禁问题，则予以为不必有所表示，因教部所定规程，对于大学生，本无限于男子之规定，故予以为无开女禁与否之问题。即如北京大学，明年招生时，倘有程度相合之女生，尽可投考，如程度及格，亦可录取也。”是年2月，北京女子师范学校江苏籍女生王兰，向北大提出入学请求。由于这时招收新生的考期已过，学校遂同意她入学旁听。两天后她即到校听讲。随后又有奚浈、查晓园等要求入校旁听。这一年春季，北大先后招收了9名旁听女生。1920年秋季起，北大正式招收女生。
7.倡导平民教育。
蔡元培从民主主义和教育救国的思想出发，一直倡导平民教育。他说:“‘平民’的意思是‘人人都是平等的’。”平民教育就是人人都有平等受教育的权利。1918年，他亲自筹划举办校役夜班(即工人夜校)，并从3月18日起连续六天在《北京大学日刊》上刊登《校长告白》，招聘教员。他希望同学“各以所长，分任教科”。同学们纷纷响应，踊跃参加。4月14日，校役夜班开学，本校校役均入班学习。校役夜班共设10班，分为甲乙两组，每周各受业3日，课程为国文、算术、理科、修身、外国语5门。1920年，在蔡元培的赞助下，由学生会教育股创办了平民夜校。平民夜校实行男女同校，当时共招收了350名学生，其中男生240名，女生110名;年龄最长者38岁，最小的6岁，主要是学校附近的平民子弟。夜校经费，由学校每月津贴40元，不敷部分，组织学生半工半读和通过贩卖实物取得。平民夜校于是年1月18日正式开学。1921年，北大同学还成立了平民教育研究社，并举办第二平民学校。在蔡元培的平民教育思想影响下，北大学生还于1919年成立了平民教育讲演团。讲演团的宗旨是增进平民知识，唤起平民之自觉心。讲演团规定每星期日下午上街举行讲演，1920年春假后，还深入到郊区海淀、长辛店、丰台、卢沟桥、通县等地，向工农宣传文化科学知识和爱国主义思想。
8.开创学术研究风气。
蔡元培从大学“实以是为研究学术之机关”的观点出发，十分重视科学研究。他在《论大学应设各科研究所之理由》一文中说，大学无研究院，则教员易陷于抄发讲义、不求进步之陋习，大学无研究院，则大学毕业生除留学外国外，无更求深造之机会，大学无研究院，则未毕业之高级生，无自由研究之机会，“是大学研究院之不可不设，其理由甚明矣”。据此，他就任校长10个月后，在北大成立了文、理、法三科研究所共九个学门，开国内大学设研究所(院)之先河。三科研究所的九个学门为:文科研究所设国文学、英文学、哲学三门;理科研究所设数学、物理学、化学三门;法科研究所设法律学、政治学、经济学三门。1919年12月，又决定增设地质学研究所。此前，1917年6月26日，大总统黎元洪曾根据教育部的呈请，令将国史馆并入北京大学，在文科附设国史编纂处。1918年8月27日，教育部训令北京大学:国史编纂处谕改国务院办理，业经国务会议议决照办，令该校饬知，准备移交。
当时北大研究所的章程规定:各学门研究所由校长于各所教员中推一人为主任;凡本校毕业生俱得以自由志愿入研究所;本校高年级学生得研究所主任之认可，亦得入研究所;本校毕业生以外，与本校毕业生有同等之程度而志愿入所研究者，经校长及本门研究所主任之认可，亦得入研究所;本国及外国学者志愿共同研究而不能到所者，得为通讯研究员。到1918年初，各研究所共有研究员148人(其中大学毕业生80人，高年级学生68人)，另有通讯研究员32人。范文澜、冯友兰、傅斯年、俞平伯等都是这一时期文科研究所的研究员，叶圣陶是这一时期文科研究所国文门的通讯研究员。
1921年12月，校评议会讨论通过了《国立北京大学研究所组织大纲》，规定:研究所分设自然科学、社会科学、国学和外国文学四门;所长由大学校长兼任，各门设主任一人，由校长于本校教授中指定。由于学校的经费和人力条件的限制，到1922年只开办一个国学门。国学门的对象包括中国文学、史学、哲学、语言学、考古学等方面，设置编辑室、考古研究室、歌谣研究会、风俗调查会、明清史料整理会等机构，并在图书馆内开设供研究用的特别阅览室。当时还设有研究所国学门委员会，委员长由校长蔡元培兼任，委员有顾孟余、沈兼士、胡适、马裕藻、钱玄同、李大钊、朱祖希、周作人等。沈兼士任国学门主任。王国维、陈垣、陈寅恪、柯劭忞、钢和泰(俄国梵文学家)、伊凤阁(苏联汉学家伊万诺夫的中文名字)等受聘为国学门导师，罗振玉受聘为考古学通讯导师。1922年1月，国学门招收研究生32名。
为了鼓励学术研究，蔡元培号召并组织各种学术研究团体。当时各系都组织了学会，如文学会、史学会、哲学会、经济学会、地质学会、数学会、化学会、心理学会等。这些学会以本系学生为当然会员，本系毕业生和旁听生为特别会员，经费由学校津贴。学会的活动主要是分组进行研究，邀请学者讲演，主办刊物等。也有的学会是由学生按照自己的兴趣组织的，如有志研究数学、物理学的同学组织的数理学会。
除了各学系的学会以外，还有不属于一个系而属于全校范围的众多社团。这些社团大多由学生组织，请教师和校外专家指导或当顾问，但也有师生共同组织的。社团所需的经费，学校可视情况给予部分或全部津贴。这种社团的组织与活动在五四运动前后达到了高潮。粗略估计，当时各种社团的总数当在50个以上。其中比较重要的有北京大学新闻学研究会、北大哲学研究会、国民杂志社、新潮社、新文学研究会、俄罗斯文学研究会、世界语研究会、书法研究会、音乐研究会、北京大学马克思学说研究会、北京大学社会主义研究会、平民教育讲演团、进德会、雄辩会等。
为了发展科学研究，培养学术研究风气，交流研究成果，当时北大在蔡元培的倡导下，还创办了学报，编辑出版了众多刊物。1918年秋，蔡元培鉴于《北大日刊》篇幅无多，不能刊载长篇学术论文，乃于1919年1月创办《北京大学月刊》，作为“本校教职员学生共同研究学术，发挥思想，披露心得之机关”。1922年，学校评议会议决《月刊》停刊，改出自然科学、社会科学、国学和文艺四种季刊。后来，由于经费困难，文艺季刊未能出版。至于各学会、研究会、各社团出版的刊物就更多了，除了闻名遐迩的《新青年》《每周评论》以外，还有国民杂志社的《国民》杂志、新潮社的《新潮》月刊、国故月刊社的《国故》月刊、地质学会的《北京大学地质研究会年刊》、数理学会的《数理杂志》、经济学会的半月刊等。
经过蔡元培的整顿、改革，北京大学基本上完成了向近代大学的转变。
蔡元培自1917年至1923年，曾五次提出请辞北京大学校长职务。第一次为1917年7月3日，他为反对张勋拥清复辟，辞北大校长职。复辟失败，经北大教职员和教育部的挽留，他回校复职。第二次是五四运动爆发以后，反动势力把攻击的矛头集中在北京大学和校长蔡元培身上。1919年5月8日下午，蔡元培的一个知交向他报信说，政府方面确欲去之。蔡元培遂于8日晚送出了辞职呈文，并于5月9日凌晨悄悄离京，前往天津，再赴杭州。经北大全体师生和北京各校以及社会各团体的大力挽留与坚决斗争，北京政府亦不得不出面挽留并由教育部派代表赴杭迎蔡回京。9月20日，蔡元培终于回校复职。第三次为1922年8月17日，因教育经费积欠五个月以上，且迭经呼吁未有效果，蔡元培等北京八所国立学校校长通电全国宣布辞职， 8月19日向总统府、国务院、教育部递交了辞呈，后又连续三次呈请辞职。9月11日，八校校长除再次呈请辞职外，并决定自即日起一律离校，绝对不负责任。9月21日，因政府已拨给两个月经费，并答应于9月30日以前再发半个月，八校校长宣布复职。第四次为1922年，因学校经费支绌，经蔡元培提议，学校评议会通过今后所发讲义一律征费的决议。10月18日上午，部分学生拥入校长室陈情，要求立即废止讲义收费办法。蔡元培向学生说明学校困难，坚持讲义收费办法。学生不听劝告，大声喧嚷，贴出“反对讲义收费”等标语。于是蔡元培提出辞职，后经绝大多数学生竭诚挽留，又经各方面斡旋，24日，蔡元培乃回校视事。第五次为1923年1月17日，由于教育总长彭允彝干涉司法独立，蹂躏人权，非法要求逮捕北大兼课教师、财政总长罗文干，蔡元培愤而辞去北大校长职务，离京南下，并于同日在《北京大学日刊》上刊登“不再到校办事”的启示。北大教职员和学生联合其他高校掀起了挽蔡驱彭运动。6月，北京政府不得不免去彭允彝的教育总长职务。6月16日，北大全体教职员致电蔡元培:彭允彝已去位，务恳先生从速返校以慰众望。6月下旬，蔡元培分别致函北大教职员、全体学生、北京国立各校教职员联席会议，说:“事已至此，培不能进京，已不成问题。诸先生爱人以德，必能容恕也。”后经蔡元培建议，北大校评议会议决，请蒋梦麟代理校长职务，自8月4日起，所有校长职务，概由蒋梦麟负责执行(12月27日，北京政府教育部正式通知北大，由总务长蒋梦麟代理北大校长)，蔡则于是日赴欧。但由于北大师生的挽留，蔡在名义上仍担负着北大校长职务，直到1927年他就任南京政府大学院院长为止。
1926年3月，“三一八”惨案后，代理校长蒋梦麟离校出走，改由余文灿、陈大齐先后代理校务。这期间，学校仍继续蔡元培长校以来确立的体制和教学制度。当时，虽然经费十分困难，学校还是有一些发展。1924年5月28日，校评议会议决，自下学年起，添设东方语文学系(包括日文、梵文两组)， 1925年成立生物学系，1926年在哲学系心理门的基础上扩大成立心理学系。1924年修正的预科规则中取消了学组的提法，但分别升入的学系不变。
三、北大师生的复校斗争
1926年，北京临时执政府执政段祺瑞制造“三一八”惨案后，在全国人民的反对下，宣布下台，避往天津。奉系军阀首领张作霖控制了北京，成立了安国军政府。1927年8月4日，安国军政府教育部拟具京师国立九校改组计划，向国务会议提出。其计划将国立九校(北京大学、法政大学、医科大学、农业大学、工业大学、师范大学、女子学院师范大学部、女子学院大学部、艺术专门学校)合并为一，总称为国立京师大学校，分设文、理、法、医、农、工六科，师范一部，商业、美术两专门部。关于女子方面则另设第一第二两部，以示区别。文理两科即就北京大学原有文理两科改组，法、医、农、工四科，师范一部，即就原有之法、医、农、工、师范五大学改组。法科内复以北京大学所设之法科并入，以免重复。商业专门部为时势所急需，故特行增设。美术专门部即就艺术专门学校改组。其旧有之女子学院师范大学部及女子学院大学部即改组为第一第二两部。8月6日，张作霖不顾各校师生的反对，发布国立九校改组令，称教育部“所拟办法，既便管理，亦节经费，实属切实可行”，“着教育部按照此次所拟办法，更定名称，妥速办理”。8月31日，安国军政府教育部公布《国立京师大学校组织总纲》17条，规定各科部都设预科。修业年限除商业、美术两专门部为三年、预科一年外，其他各科均为四年、预科二年。学校由校长总辖校务，各科部设学长分掌各科部的教学及事务。设校务会议，议定全校之重大事务。校务会议由校长及学长组成，以校长为主席。设教务会议，审议关于全校之学制及教学、训育事项，由校长、学长及各科部内之主任教授组织之，以校长为主席。各科部设教授会议，规划课程并审议关于本科部之学则及教学、训育事宜，由本科部学长及教授组织之，以学长为主席。京师大学校的校长由教育总长刘哲兼任。9月20日，京师大学校在教育部礼堂举行开学典礼。校长刘哲作长篇演说，提出今后办学宗旨为“保存旧道德，取法新文明”。9月21日，教育部又将原北京大学研究所国学门改为国学研究馆，馆长由教育总长聘任。
京师大学校制定了一套向封建主义办学道路倒退的教学制度，如规定学生须读经文，学八股文;男女学生要分座听训;各科部编写讲义禁用语文体;禁止举行体育比赛等。但是北大的广大师生不顾反动当局的重重压力，坚持开展反对专制统治、恢复北京大学的斗争。
1927年4月18日，国民党蒋介石成立南京国民政府。1928年4月，南京国民政府进行北伐。6月3日，张作霖在北伐军的进逼之下撤出北京，退往关外。教育总长兼京师大学校校长刘哲逃离北京。6月8日，北伐军进驻北京。6月20日，国民党中央政治会议决定，将北京改称北平，为特别市。此后开始了南京国民政府的统治时期。
1928年6月5日，刘哲逃离北京仅两天，北京大学各班代表齐集西斋，组织复校运动委员会，发表《北京大学复校宣言》，并决议要陈大齐恢复其代理校长职权，主持北大校务。6月12日北京大学校方也贴出布告:“查本校横被摧残将及一年，今幸北伐成功，本校得以光复，爰于本月10日召集各学系、科、部、研究所主任会议，议决于十一日会同学生代表接收一、二、三院，以维现状至中央政府命令发表正式办法时为止。”
此前，南京国民政府已于1927年6月接受蔡元培、李石曾的提议，实行大学院和大学区制，以大学院为全国最高学术和教育行政机关，以大学区为地方教育行政单位。同月，国民政府公布《大学区组织条例》，1928年5月3日，又公布《修正大学区组织条例》(1928年12月11日，南京国民政府又公布《修正大学区组织条例》，但基本内容未改)，规定:“全国依各地之教育、经济及交通状况，定为若干大学区，每大学区设大学一所。大学设校长一人，综理大学区内一切学术与教育行政事项。”
张作霖撤出北京后，时任大学院院长的蔡元培以大学院名义呈文国民政府，说:“北京大学在教育经过中有悠久的历史，上年北京教育部并入师范、农、工、医、法、政、艺术等科及女子师范大学、女子大学，名曰京师大学。现在国府定都南京，北京京师之名，绝对不能沿用。拟请明令京师大学为北京大学，并恳任命校长，以重责成。”6月8日，国民政府讨论蔡元培的提议时，决定将北京大学改为中华大学，中华大学校长请蔡元培自兼，蔡未到任时，以李煜瀛(李石曾)署理。蔡元培表示不就中华大学校长一职。6月19日，国民政府批准蔡元培辞中华大学校长职，任命李煜瀛为中华大学校长(9月5日又任命李书华为副校长)。于是李煜瀛派萧子升、李盛章为接收员，到北平接收国立九校。消息传来，北大师生大哗，认为这种改组无异于刘哲的京师大学校，表示坚决反对，坚决抵制李煜瀛接管。
1928年8月，国民政府决定设立北平大学区。9月21日，国民政府会议通过《北平大学区组织大纲》。同日，决定将中华大学改名为北平大学，仍以李煜瀛、李书华为正副校长。《北平大学区组织大纲》规定:“大学区以北平政治分会所管辖之区域，即河北、热河两省，北平、天津两特别市为大学区。”大学区设校长一人、副校长一人、秘书长一人。大学区内原有高等学校有北平之国立九校，天津之北洋大学、工业专门学校、法政专门学校，保定之河北大学，合并成北平大学后设文、理、法、工、农、医、艺术、师范等学院及文理两预科和俄文专修馆(后改名俄文法政学院)。将北京大学一院(文科)与河北大学文科合并，称北平大学文学院，院址在北京大学第一院旧址;二院(理科)单独称北平大学理学院，院址在北京大学第二院旧址;三院(法科)与北京政法大学、河北大学法科、天津法政专门学校合并，称北平大学法学院，院址在法大旧址。原北大三院院址用来办文理两预科。研究所国学门改为国学研究所，直属北平大学。这样，实际上仍是将北大分散为隶属于北平大学的三个管理系统，取消了北京大学。北平大学区的设立和北平大学的组建，遭到北大师生的强烈反对，也遭到京、津、保定其他许多高校的反对。
北京大学学生早在奉系军阀组建京师大学校时就曾进行复校斗争，此时，又组织了恢复北大委员会，建立“护校团”“救校敢死队”等组织。广大学生在复校委员会的领导下，多次阻止了国民政府大学院派人来接管学校，表示坚决反对大学区制，要求恢复原有校名和组织，绝不受北平大学之管辖。
这时学校的教学活动完全停顿，学生的复校委员会成为唯一主持校务的机关。学生在进行护校斗争的同时，积极联络教职员筹备开学事宜，和教职员一起组织学业维持会，约请学者作学术讲演。10月20日，学生自动开学，并着手恢复被刘哲摧残的各系学会。史学会、地质学会、化学会、教育学会等相继恢复。
11月15日，全体学生大会议决成立学生会，通过了护校的三原则:(1)保存整个北京大学;(2)永远保存“北京大学”名称;(3)反对大学区制，本校直隶中央。11月21日，学生会正式成立，因多次派代表交涉拨办学经费均无结果，遂决定于29日举行游行示威。这一天，全体五百多名学生举着北京大学校旗，手执“反对大学区制”“北大独立”的旗帜，到怀仁堂西厅的北平大学校长办公处，要求负责人出见，遭到拒绝后，砸了“北平大学办事处”、“北平大学委员会”两个牌子，随后又到李煜瀛等人的住宅示威。12月2日清晨，李煜瀛派员率武装士兵数百人，分赴北河沿、沙滩、景山东街北大各院，准备武装接收北大，为学生所拒。1928年10月24日，国民政府令:大学院改为教育部，任命蒋梦麟为部长，自11月1日起，所有前大学院一切事宜，均由教育部办理。1929年1月，经吴稚晖、蔡元培出面调停，国民政府教育部作了让步，双方达到以下协议:(1)名称为国立北平大学北大学院，包括第一院(文学院)、第二院(理学院)、第三院(社会科学院)，对国外仍译用国立北京大学。(2)组织不变，设院长一人，院主任共三人，分别协助院长管文、理、法三个学院的院务，皆得出席北平大学院长会议。(3)院长为陈大齐。(4)经费以北京大学时期最高预算为标准。(5)研究所国学门仍设于第三院。这样，北大停课九个多月之后，于1929年3月11日重新开学。
1929年6月15日，国民党第三届中央执行委员会召开第二次全体会议，决定由教育部定期停止试行大学区制。6月25日，国民政府行政院通过相应的决定，停止大学区制。随后，教育部电令北平大学，定期停止具报。北平大学复电，拟自七月一日起，遵令停止。8月6日，国民政府决定，国立北平大学之北大学院改为国立北京大学。历时半年多的北大学院，从此结束。
四、复校后至抗日战争全面爆发前的北京大学
大学区制停止执行、北京大学恢复以后，学校评议会和全校师生表示欢迎蔡元培回校主持校务。1929年8月8日，北大学生会电请教育部颁令任蔡元培长校，并函陈大齐暂行继续维持校务。9月16日，国民政府任命蔡元培为北京大学校长，在蔡未到任前，以陈大齐代理。但蔡一直未到校视事。1930年9月24日，国民政府令准蔡元培辞国立北京大学校长职，任命陈大齐代理国立北京大学校长。因陈大齐多次提请辞职，1930年12月4日，国民政府任命蒋梦麟为北京大学校长。
蒋梦麟长校后，于1931年春提出了“教授治学，学生求学，职员治事，校长治校”的主张，改变了原来的一些制度。首先是1931年9月，学校根据国民政府1929年7月公布的《大学组织法》，取消了评议会，设立校务会议。校务会议由当然委员和选举产生的委员两部分人组成。当然委员为校长、各学院院长、各学系主任，选举产生的委员为以全体教授、副教授选出之代表若干人，以校长为主席。校长得延聘专家列席会议，但其人数不得超过全体人数五分之一。校务会议审议事项为:大学预算、大学学院学系之设立及废止、大学课程、大学内部各种规则、关于学生试验事项、关于学生训育事项、校长交议事项。1931年9月23日，组成了第一次校务会议。1932年6月16日，学校公布《国立北京大学组织大纲》，除规定设校务会议以外，还规定:(1)本大学以研究高深学术、养成专门人才、陶融健全品格为职志。(2)实行学院制。改理、文、法三科为理、文、法三学院。各学院置院长一人，商承校长综理各院院务，由校长在教授中聘任;各系置系主任一人，商承院长主持各系教学实施之计划，系主任从由教授选举改为由各院院长商请学校聘任之。全校共设14个学系:理学院设数学、物理学、化学、地质学、生物学、心理学6个学系;文学院设哲学、教育学、中国文学、外国语文学、史学5个学系;法学院设法律学、政治学、经济学3个学系。(3)设研究院，其组织另定。(4)设课业处，置课业长一人，商承校长并商同各院院长综理学生课业事宜，由校长就教授中聘任之(1937年5月21日，课业处改称教务处)。(5)改总务处为秘书处，置秘书长一人，商承校长处理全校事务上行政事宜。(6)设行政会议，由校长、各院院长、秘书长、课业长组织之，以校长为主席。(7)设教务会议，由校长、各院院长、各系系主任、课业长组织之，以校长为主席，课业长为秘书。(8)校务会议的当然委员改为校长、秘书长、课业长、图书馆长、各院院长、各系系主任。
1932年12月公布了《国立北京大学学则》，规定本科各系修业年限为四学年，但工学院本科各系修业年限为五学年。每学年上课至少二十八个星期以上，并从此时起，将原来实行的计算课程的单位制改称学分制。每个学生至少须修满132学分方可毕业。学校还要求学生必须掌握一门外国文字，要求理科学生必须具备一定的文史知识，文科学生必须学习一定的自然科学知识，并把“科学概论”作为文学院一年级学生的共同必修课。蒋梦麟遵循学术自由的主张，在北大保留了五四时期就开设的一些马克思主义和社会主义学说的课程，如马克思经济学说、马克思学说研究、社会主义、劳动运动与社会主义史等。
1929年北大复校后即着手研究所的恢复工作，并于是年9月制定《国立北京大学研究院章程》(1932年7月，对章程进行修改，制定《国立北京大学研究院规程》)。1931年国学门恢复招生。1932年9月，正式成立研究院。院长由校长兼任，原研究所国学门改为文史部，增设自然科学部和社会科学部。10月，研究院三个部均招收了研究生。1934年6月，修订公布《国立北京大学研究院暂行规程》(1935年6月又修订公布)，将原三部改为文科、理科、法科三个研究所。各研究所得依各系师资及设备情形设立研究科目，招收研究生。1935年6月，国民政府教育部核准各大学及独立学院设立研究所名单，其中北京大学有:文科研究所(设中国文学、史学二部)，理科研究所(设数学、物理、化学三部)，法科研究所(暂缓招生)。
从1931年起，北大实行教授专任制度，聘请教授以专任为原则。在校外兼课者，薪金较专任者少;兼课较多者，改为讲师。蒋梦麟经过多方努力，争取到北大与中华教育文化基金董事会设立合作研究特款，自1931年至1935年，每年双方提供国币20万元，专用于:设立北大研究教授(当时所聘研究教授都是国内的一流专家、学者，待遇优于一般教授);扩大北大图书、仪器及他类相关设备;设立北大助学金及奖学金。这笔特款促使北大这一时期的教学和科学研究有了较迅速的发展。
在当时经费极端困难的情况下，蒋梦麟还多方筹措，兴建了新图书馆、地质学馆和一批实验室，改善了教学科研条件。
1937年7月7日，卢沟桥事变爆发，全国性的抗日战争开始。7月29日，北平陷落。当时，校长蒋梦麟在南京。在校的北大教职工于7月15日、20日、31日，在嵩公府大厅开会。大家在凄凉悲痛的气氛中决定镇静应变，共维残局。后来，郑天挺、叶公超、钱端升、罗常培、梁实秋、姚从吾、马裕藻、孟森、汤用彤、毛子水、陈雪屏、魏建功、赵廼抟等二十多位教授还多次开会，讨论如何维持校务和暂行发放补助费给低薪职工等问题。8月25日，日本宪兵进入北大，到第一院校长室进行检查，汉奸组织的地方维持会也约北大等学校负责人前往谈话。9月3日，日军进驻北大第一院和灰楼新宿舍，北大职工撤离学校。接着北大的其他校舍也为日军占据。北大各处从此落入日伪之手长达八年之久。
五、北大和清华大学、南开大学组建的长沙临时大学和西南联合大学
北平沦陷后，国民政府教育部于1937年8月命北京大学、清华大学、南开大学迁至湖南长沙，合组为长沙临时大学。1937年底南京沦陷。日军向长江流域步步进逼，武汉告急，长沙遭到频繁空袭。1938年1月19日，得到当局批准，长沙临时大学决定迁往云南昆明。2月中旬临大开始搬迁，4月全部迁到昆明。4月2日，学校奉教育部电令更名为“国立西南联合大学”，一直到抗战胜利，三校复员平津。
(一)国立长沙临时大学的组建与西迁
北平沦陷后，国民政府教育部于8月中旬命北京大学、清华大学、南开大学南迁湖南长沙，合组为国立长沙临时大学。28日，教育部指定三校校长蒋梦麟(北大)、梅贻琦(清华)、张伯苓(南开)为长沙临时大学筹备委员会常务委员，杨振声为筹备委员会秘书主任。9月10日，教育部正式宣布张伯苓、蒋梦麟、梅贻琦、杨振声(教育部代表、北大教授)、胡适(北大文学院院长，未到任)、何廉(南开大学教授)、顾毓琇(清华大学教授)、周炳琳(教育部次长)、傅斯年(北大教授)、朱经农(湖南省教育厅长)、皮宗石(湖南大学校长)为筹备委员(实际上，胡适、何廉、周炳琳、傅斯年、顾毓琇未能参加筹备工作)，张、蒋、梅三人为常委，秘书主任杨振声亦为常委。校务由常务委员会主持。9月13日，筹委会在长沙举行第一次会议，决定常委分工:蒋梦麟负责总务，梅贻琦负责教务，张伯苓负责建筑和设备。会议同时讨论确定校舍、科系设置、师资招聘、学生收纳等事宜。为了分别办理各项事宜，还陆续设立了聘请教授主持的课程、图书设计、教室宿舍设备等各种专门委员会。
9月下旬，筹借校舍基本就绪。校本部租用长沙韭菜园圣经学校。该校仅有三层正楼一座，宿舍三座。正楼用作教室、实验室，理学院、法商学院、工学院土木系在此处上课。宿舍一部分用作办公室，一部分供单身教职员住宿，另在附近觅得陆军第四十九标营房三座，用作男生宿舍，又在涵德女校借用楼房一座为女生宿舍。工学院电机系和机械系学生寄宿岳麓山湖南大学，借用该校设备和教室上课。机械系航空工程研究班(11人)在南昌航空机械学校借读(后该研究所迁往成都)。化学工程学系学生在重庆大学寄读。因长沙校舍不敷应用，文学院设于南岳圣经学校分校，称临大南岳分校。
当时由教育部函商中英庚款董事会筹借50万元作为开办费，该会一时无法筹足，允拨25万元，实拨20万元。教育部拨发的经常费为三校每月原有经费的七成之半数(35%)，计北大为每月27416.65元，清华35000元，南开9333.33元，合计每月71749.98元。
10月2日，常委会决议，根据教育部有关规定精神，三校中科系相同者合并，一校内性质相近者亦予合并，以节省开支，提高效率。归并后共设17个学系:文科为中国文学系、外国语文学系、历史社会学系、哲学心理教育学系;理科为物理学系、化学系、生物学系、算学系、地质地理气象学系;工科为土木工程学系、机械工程学系、电机工程学系、化学工程学系;法商科为经济学系、政治学系、法律学系、商学系。
由于经费短绌，教职员薪水一律按七折支给。又由于学生多来自战区，生活无着，除决定战区学生准予缓交学费及预偿费外，并从学校经费中节省五千元作为贷金，作救济困苦学生之用。
教师之遴选根据学生之多少及课程之需要确定人数。凡预计必须聘请之教授均预先通知或设法延请来校。为便于合作，各系均设教授会议，其主席由常委会从各系教授中推选，各系系务由教授会主席主持。截至10月底，全校有教师148人，其中北大55人，清华73人，南开20人。但不少教授阻于交通，来不及南下。如北大的罗常培、罗庸、魏建功、郑天挺、陈雪屏直到11月7日才离开北平，比他们早走多日的钱穆、贺麟、陈寅恪等，于11月底才先后到达长沙。
临大规定三校旧生于10月18日开始报到。截至11月20日，旧生报到者1120人，其中北大342人，清华631人，南开147人。根据教育部规定，接纳借读生218人。此外，北大和清华在武昌联合招收的新生和南开中学毕业后直升大学的新生114人。学生总数为1452人。因交通梗阻留平或在途未到者，限于11月底到齐。据临大1938年1月铅印的学生名册，新旧生共1500多人。
长沙临大校本部于1937年11月1日开始上课(此即为西南联大校庆日)。南岳分校于11月16日开学，19日开始上课。
临大在长沙只进行了一个学期的教学工作，1938年1月19日经国民政府批准，迁往昆明。1月20日，常委会开会决定:(1)学校迁往昆明，教职员路费津贴每人65元，学生每人20元，昆明及沿途各地办事处人员除川资及津贴外，由学校负担宿费，并加发办公费每人每日5元。(2)教职员学生统限于1938年3月15日以前在昆明校址报到(实际上推迟了)。(3)成立本校迁移昆明时各地办事处与招待处:推定昆明办事处负责人为蒋梦麟、秦瓒、汪一彪、庄前鼎、杨石先、章廷谦、李洪谟、王裕光;河口招待处负责人为雷树滋，海防招待处负责人为徐锡良，香港招待处负责人为叶公超、陈福田，广州招待处负责人为郑华炽。1月24日，又推定蒋梦麟为昆明办事处主任，秦瓒为副主任。2月9日，秦瓒、杨石先、王裕光代表三校先行入滇(一星期后抵昆)，安排有关建校事宜。蒋梦麟则于2月15日飞香港，再经越南的海防、河内抵昆明，主持办事处工作。
由长沙迁滇，人员分成两路。一路为女生、体弱者和愿走海道者，经粤汉铁路至广州转香港，乘海船到越南海防，再由滇越路经河口入昆明。一路根据自填志愿，检查体格而核准步行者，徒步经晃县、贵阳、永宁、平彝至昆明，沿途可采集标本，了解当地民族风情，作社会调查。1月22日，学校公布学生迁滇原则和办法及注意事项。据此规定，学生须填写赴滇就学志愿书，由校常委会审核，经批准者可领取赴滇许可证。许可证分为甲、乙两种。甲种为由长沙步行到昆明，乙种为由长沙出发，经广州、香港、海防、河内到昆明。由于学生中有一大批人或去从军，或去战地服务，或去陕北学习，至2月10日，核准赴滇就学学生为821人(一说为820人)。其中持甲种许可证者为240人，持乙种许可证者581人。从海道赴滇的学生于2月中旬分批离开长沙，于4月先后抵达云南。步行入滇的学生组成湘黔滇步行团，为了保证途中安全，实行军事管理，请军事委员会指派中将参议黄师岳担任旅行团长、指挥。参加步行的教师由闻一多、曾昭抡、黄钰生、李继侗、袁复礼、许维遹、李嘉言、王钟山、毛应斗、郭海峰、吴征镒11人组成辅导团，并由黄钰生、曾昭抡、袁复礼、李继侗组成旅行团指导委员会，由黄钰生任主席，负责日常具体的领导工作。除团本部外，学生组成两个大队，三个中队，每中队又分若干小队(相当于班)。军训教官毛鸿少将任参谋长，另两位教官邹镇华、卓超分任大队长，中、小队长则由学生担任。每一大队有一伙食班，由学生五六人组成，学校配备炊事员一人。医官徐行敏等三人属团本部。旅行团于2月20日出发，4月28日抵达昆明，历时68天，全程1671公里，除车船代步及休整外，实际步行40天，行程1300公里。另外，有教师陈岱孙、朱自清、冯友兰、郑昕、钱穆等十余人从长沙出发，经桂林、柳州、南宁、镇南关进入越南，到河内转乘滇越火车赴昆。
(二)国立西南联合大学
1938年4月2日，教育部以电令转知:“奉行政院命令，经国防最高会议通过，国立长沙临时大学更名为西南联合大学。”学校起初分为两部分。理学院、工学院在昆明，租用大西门外昆华农业学校为理学院校舍，租用拓东路迤西会馆、江西会馆、全蜀会馆为工学院校舍，盐行仓库为工学院学生宿舍。总办事处设在崇仁街46号(后迁至才盛巷2号)。文学院、法商学院设在蒙自，称蒙自分校。分校租用蒙自海关旧址作为教室，法国银行、法国领事馆作为图书馆和教职员宿舍;哥胪士洋行临街一进的楼上作为教职员宿舍，楼下与后进作为男生宿舍;女生则借住城内早街周伯斋宅。1938年8月，因海关房屋为航空学校征用，蒙自分校不得不结束。文法学院师生于8月23日课程结束后迁返昆明。
从长沙来滇的学生，加上在昆明接收的借读生共993人。1937—1938学年第二学期于1938年5月2日开学，在昆明的学生于5月4日开始上课，蒙自分校的学生于5月5日开始上课。
西南联大开始时的院系设置与长沙临时大学基本相同，后有所调整。1938年7月底，在工学院机械工程学系航空组的基础上设立航空工程学系。8月初，增设师范学院，将文学院哲学心理教育学系的教育部分与云南大学教育系合并，成立教育学系，归师范学院。哲学心理教育学系改为哲学心理系，仍属文学院。师范学院还设公民训育学系、国文学系、英语学系、史地学系、数学系、理化学系。1939年1月，在电机工程学系内附设电讯专修科。暑假后，师范学院与云南省教育厅合办云南省中等学校职教员晋修班(学制一年)，同时增设先修班。1940年6月，历史社会学系分为历史学系和社会学系。1941年，社会学系划归法商学院。1940年秋，师范学院附属学校开学，先办小学和初中，以后逐年增设高中年级，改称附属中学和附属小学。1941年暑假，师范学院与云南省教育厅合办云南省中等学校理化教员实验班(三个月)。11月，开办师范专修科，不久，改称为初级部，1944年又恢复师范专修科名称。这样，西南联大共有5个学院，26个学系，2个专修科，1个先修班。
西南联大的校务仍由常务委员会主持，常委会委员由三校校长和秘书主任组成。原定常委会主席由三校校长轮流担任，一年轮换一次。后来，因张伯苓长期在重庆任国民参政会副会长，蒋梦麟也不常驻昆明，所以常委会工作实际上一直由梅贻琦主持。常委会下设总务处、教务处、建设处(后撤销)和训导处。根据国民政府1938年颁布的《大学组织法》，西南联大仍设有校务会议和教授会。校务会议由常务委员、常委会秘书主任、教务长、总务长(1939年后加训导长)、各学院院长及教授、副教授互选之代表11人组成。校务会议由常委会主席主持，教授会由全体教授、副教授组成，常务委员和常委会秘书主任为当然成员，开会时由常委会主席主持。各学院设有院务委员会。各系系务由各系教授会主持，1939年6月，各系教授会主席改称系主任。另外，北大、清华、南开三校还在昆明各自设有办事处，保留着各校原有的某些行政和教学组织系统，负责处理各校自身的事务。
研究生由三校分别招收，学籍不属于联大。但研究生课程的开设则三校教授统一调配，不分学校。北大研究院于1939年5月恢复，并开始招收研究生。研究院院长由北大校长兼任，各研究所长由北大各学院院长兼任，各学部主任由北大原各有关系系主任担任。从1939年8月开始，北大研究院各学部逐步恢复和建立，到抗战后期，共设有3个研究所12个学部，即文科研究所设中国文学、语言学、哲学、历史学4个学部，理科研究所设算学、物理学、化学、生物学、地质学5个学部，法科研究所设法律学、政治学、经济学3个学部。
西南联大在昆明租用的校舍原来就很紧张，1938年8月，又遵教育部令，增设了师范学院，蒙自分校的师生也于1938年暑假开始返回昆明，校舍困难更见突出。虽然联大已于是年7月购得昆明市西北角城外三分寺附近土地124亩为校址地基，在那里赶筑新校舍，但设计施工尚需时日，无法解决当前困难。适逢当时昆明的一些中学和中等专业学校，为避免日机自9月中旬以来频繁的骚扰与轰炸，先后疏散到外县，空出不少校舍。学校即与云南省教育厅洽商，借得昆华工业学校校舍为文法学院教室和宿舍，昆华师范的中院和西北院为学生及教职员宿舍，大西门内文林街昆华中学的南院为师范学院教室，北院为师范学院新生及其他各系高年级学生宿舍。至于理学院的教室、实验室和学校各行政部门的办公室仍在昆华农业学校，各系一年级学生在该处上课，工学院的教室、宿舍、办公室仍在拓东路迤西会馆等处。为了办事方便，总办公处迁到龙翔街昆华工校。这样，原有各学院1938-1939学年第一学期才得于11月24日开始注册、选课，12月1日上课，新设的师范学院则于12月12日开学。
1939年4月，赶筑的新校舍竣工，1939年夏开始使用，包括一百余所低矮的土坯墙、泥地、茅草顶(部分是铁皮顶)的平房及比较大一点的用作图书馆和饭厅的砖木结构的瓦房。文、理、法商三个学院的教室、实验室、学生宿舍都设在这里，总办事处亦迁入新校舍，师范学院也在新校舍附近。工学院仍在拓东路迤西会馆。
1940年7月，日军入侵越南，云南成为前线，昆明连遭轰炸。8月，奉教育部令，联大在四川叙永设立分校，作为必要时迁往四川的准备。1940年录取的新生一律到叙永分校报到。分校设理、工、文法三个学院和一个先修班，学生共六百余人，校舍分设在一些破败庙宇里。1941年1月6日，分校开学，10日开始上课。该学期于4月10日结束，第二学期于4月15日开始上课，实际上是两个学期的课程压缩在一个学期内学完。1941年后，日军轰炸减少，昆明局势稍趋安定，联大迁校之议遂作罢。1941年8月底，叙永分校结束，迁回昆明。
1945年6月，蒋梦麟出任行政院秘书长，请辞北京大学校长职务，9月4日，国民政府令准蒋梦麟辞北大校长，任命胡适为北京大学校长，胡未到任前，由傅斯年代理。
1945年8月15日，日本天皇宣布无条件投降，抗日战争胜利结束。
1945年8月23日，常委会决议:抗战业已胜利结束，为筹划三校迁返平津，设置三校迁移委员会，聘请郑天挺、黄钰生、查良钊、施嘉炀、陈岱孙为委员，郑天挺为委员会主席(1945年10月17日、1946年1月12日、1946年4月24日，又三次增聘郑华炽、周炳琳、李继侗、马大猷、庄前鼎、黄子卿、汤佩松、孙云铸等19人为委员)。9月24日，教育部来电:联大复员后，师范学院应留昆办理。
1945年10月1日，北大请郑天挺、陈雪屏赴平考察北大原校址情况。1946年2月21日，成立北京大学校产保管委员会，准备接收并保管北大校产。委员有杨振声、郑华炽、郑天挺、梁光甫、孙毓椿，由杨振声负责，杨等随即赴平开始工作。
1946年4月12日，北大、清华、南开三校决定分别在平、昆两地招考新生，录取后到平津上课。1946年5月1日，联大学生依志愿分至三校肄业，计愿入北大者644名(一说为647名)，愿入清华者932名(一说983名)，愿入南开者65名(一说70名)。本届先修班经考试后准予免试升学学生129名。然而在1946年5月29日联大教务处制定的《国立西南联合大学分入三校学生统计表》中则为:总计学生1997人，分入北大学生709人，分入清华学生1004人，分入南开学生20人，未定学校者264人。
1946年5月4日，联大师生举行结业典礼，梅贻琦代表常委会宣布:西南联大教学活动结束。7月10日，常委会决定:本校于7月31日结束。
西南联合大学，从长沙临时大学算起，存在九年，就读学生共约8000人，本科毕业生3730人，研究生毕业83人。
六、抗战胜利复员北平后的北京大学
西南联合大学结束后，北大师生陆续复员返平。1946年7月30日，胡适抵达北平，就任北京大学校长，他计划“在十年内办成象样的大学。所谓象样的意思即是够上英美普通大学的水准”。由于当时还在复员过程中，工作未走上正常轨道，胡适即以校长身份发表北大重要职员和教授人选，并召开行政会议，决定:在校务会议成立以前，学校的行政事务由行政会议讨论执行之;关于立法问题，或遇有关系全校之重要问题，由校长召集教授会议审议之;行政会议以校长、各学院院长、教务长、秘书长、训导长、图书馆长组织之，校长为主席。1947年4月18日，教授会议通过《国立北京大学组织大纲》，规定:本大学置校长一人，综理校务，由国民政府任命之;各学院各置院长一人，综理各学院院务，由校长就教授中聘任之;各学系及医学院医学系各科置主任一人，主持各系科教务实施之计划，由院长商请校长就本系本科教授中聘任之;设教务处，置教务长一人，综理全校教务及学生课业事宜;设秘书处，置秘书长一人，处理全校行政事宜;设训导处，置训导长一人，综理学生训导事宜;教务长、秘书长、训导长均由校长就教授中聘任之;设校务会议，以各学院教授代表(每学院教授10人选举1人，其零数足五者亦选1人，但每学院至少有1人，每年改选一次)、校长、各学院院长、教务长、秘书长、训导长、图书馆馆长、医院院长、各学系主任、医学院护士学校主任组织之，以校长为主席;设行政会议，以校长、各学院院长、教务长、秘书长、训导长、图书馆馆长、医院院长组织之，以校长为主席;设教务会议，以教务长、训导长、各学院院长、各学系主任、医学院医学系各科主任、大一课业主任及医院院长组织之，以教务长为主席。该大纲还规定:本大学教授、副教授全体组成教授会，由校长召集，审议校长或校务会议交议事项，每学期至少开会一次;各学院设院务会议，各学系设系务会议。
在北平沦陷期间，日伪在北平举办了“北京大学”“北京师范大学”“北京艺术专科学校”“北京外国语专科学校”“土木工程专科学校”等高等学校。“北京大学”设文、理、法、工、农、医六个学院。抗战胜利后，国民政府教育部于1945年12月派陈雪屏到北平，把日伪时期办的高校学生，统一编为“北平临时大学补习班”，陈为主任。补习班分八个分班:“北大”理学院、文学院、法学院、农学院、工学院、医学院为第一到第六分班，“北平师范大学”为第七分班，“北平艺术专科学校”为第八分班，“外国语专科学校”和“土木工程专科学校”等学生分别编入有关各班。1946年7月1日，临时大学补习班结束。其中，第一、二、三、四、六分班并入北京大学;第五分班(工学院)并入天津北洋大学(1946—1947学年称北洋大学北平部);第七分班并入北平师范学院;第八分班并入北平艺术专科学校(实际上，学生有按志愿转到别的学校的)。
1946年10月10日，复员后的北京大学正式开学。当时共有学生3420人。其中，原西南联大分发的564人(内研究生4人)，联大、北大复学的83人，北平临时大学补习班分发的1562人，录取新生445人，先修班443人，其他多数是青年军复员或由国民党机关分发来的。当时设有理、文、法、医、农、工六学院(其中工学院是1946年8月22日第三次行政会议决定增设的)，30个学系。理学院设:数学、物理学、化学、地质学、动物学、植物学6个学系;文学院设:哲学、史学、中国语文、东方语文、西方语文、教育学6个学系;法学院设法律学、政治学、经济学3个学系;医学院设医学、药学、牙学3个学系，医学系下又设解剖学、生物化学、生理学、药理学、病理学、细菌学、寄生物学、公共卫生学、医史学、内科、外科、眼科、妇产科、放射学、皮肤花柳、神经精神、小儿、耳鼻喉18个科，另附设医院及护士学校;农学院设农艺学、园艺学、畜牧学、兽医学、森林学、昆虫学、植物病理学、农业化学、土壤肥料学、农业经济学10个学系;工学院设机械工程、电机工程2个学系。
1947年7月，行政会议决定，先修班下学年度停办。8月，北洋大学北平部并入北京大学工学院。从这时起，北大工学院设有机械工程、电机工程、建筑工程、化学工程、土木工程5个系，比北洋大学北平部并入前增加三个学系。1947年9月中旬，校务委员会决定，设图书馆专修科，附属于中国语文学系;设博物馆专修科，附属于历史学系。不久，农学院将学系改为科，所以，1947年12月，学校发布的《北京大学概论》说:“本校包括理、文、法、农、工、医六学院，二十三学系二十八科。”另有两个专修科。此后，医学院撤销医学系，解剖学、生理学等18个学科与药学系、牙学系并列，直属医学院;农学院又将学科改回学系。其他院、系学科到这时期末，没有变化。
根据教育部《大学研究所暂行组织规程》规定，北大于1947年设文科、法科、理科三个研究所。文科研究所设哲学、史学、教育学、中国语文学、西方语文学5个学部;法学研究所设法律学、政治学、经济学3个学部;理科研究所设数学、物理学、化学、地质学、动物学、植物学6个学部。1948年1月，北大研究所计划设十五科，呈教育部备案，获部核准。十五科为:物理、化学、地质、动物、植物、数学、哲学、史学(分史学及考古学两组)、中国语文学(分语言文字及文学两组)、东方语文学(分梵文与阿拉伯文两组)、西方语文学(内设英国文学组)、教育、法律、政治、经济。1948年4月，教育部核准北大医学院增设解剖学、生理学、病理学、细菌学、生物化学、公共卫生学等6个研究所。8月，医学院成立医学研究所，将教育部核准的解剖学等6个研究所改为医学研究所下属的6个学部。1946-1947学年度，北大仅有文科研究所有研究生4人。1947-1948学年度第一学期有研究生58人(内助教研究生19人)，其中理科29人，文科26人，法科9人;第二学期有研究生45人(内助教研究生16人)，其中理科24人，文科13人，法科8人。
复员后的北大，教职员分为教授、副教授、讲师、讲员、研究助教和助教。北大教员总数，1946年10月统计为564人，其中教授190人，副教授58人，讲师89人，讲员32人，研究助教37人，助教158人。到1948-1949学年度第一学期，教员总数为864人(专任755人，兼任109人)，其中，教授201人，兼任教授1人，副教授73人，讲师160人，兼任讲师108人，助教321人。
复员后，北大的学生总数1946-1947为学年度3420人，1947-1948为学年度3535人，1948-1949为学年度2924人。这时北大本科学制一般仍为4年;工科则4年、5年并存;农科自1947学年起改为5年;医科的医学系为7年(其中预科2年，本科4年，实习1年)，牙医学系为6年，药学系为5年。研究生的学制一般为2年，助教兼研究生为3年。
这一时期，北大只有两届毕业生，共1048人，其中1947年433人，1948年615人。
1948年11月，人民解放军包围了北平，12月15日，北平解放在即，胡适偕夫人乘国民政府专机离开北平，飞往南京。临行前夕，他给汤用彤、郑天挺留下便笺，说:“今早及今午连接政府几个电报，要我即南去。我就毫无准备地走了。一切的事，只好拜托你们几位同事维持。我虽在远，决不忘掉北大。”12月16日，北大行政会议决议推汤用彤、周炳琳、郑天挺三人为行政会议常务委员。学校校务即由他们三人主持，直至北平解放。